De la información disponible en bibliografía científica y estudios realizados; se determina que la fauna en la jurisdicción de la parroquia es abundante por unidad de área, ante ello existe la presencia de importantes áreas protegidas como el Parque Nacional Yasuní y la Reserva de Producción Faunística Cuyabeno, del cual se describe los siguientes grupos de Fauna:
Mamiferos.
Según Campos, F (1998) en el Estudio del Parque Nacional Yasuní. II Parte. Zoología; para la zona del cantón Aguarico registraron 197 individuos pertenecientes a 31especies de mamíferos, que representan el 8.11% del total de especies registradas en el Ecuador (382) y el 16.23% de las especies registradas en el piso Tropical Oriental (191). Las 31 especies registradas se encuentran agrupadas dentro de 18 familias, pertenecientes a 10 órdenes. Los órdenes más representativos son Chiroptera, Rodentia y Carnívora, Primates.
La especie que presenta mayor número de individuos son Saimiri sciureus, Artibeus planirostris, Dasyprocta fuliginosa, Myoprocta pratti, Saguinus tripartitus y Cuniculus. Además están categorizados en la Lista Roja de Mamíferos del Ecuador, como especies casi amenazadas y 11 especies en los apéndices de CITES.
La especie que presenta mayor número de individuos son Saimiri sciureus, Artibeus planirostris, Dasyprocta fuliginosa, Myoprocta pratti, Saguinus tripartitus y Cuniculus. Además están categorizados en la Lista Roja de Mamíferos del Ecuador, como especies casi amenazadas y 11 especies en los apéndices de CITES
Aves
En el territorio de Aguarico el estudio de Conservación y desarrollo sostenible del Parque Nacional Yasuní su área de influencia de Jorgenson J.P. y Coello M. (2001), identificarón especies de aves,
agrupadas en 25 familias, pertenecientes a 13 órdenes; que corresponde al 6% de las especies registradas en la Amazonía (700) y el 2.59% de las especies continentales del Ecuador. El orden más representativo respecto al número de especies es Passeriformes, Psittaciformes, Apodiformes, y Falconiformes.
Herpetofauna
Según los estudios académicos de la Lista de Anfibios y Réptiles del Ecuador de Ron, S. y la Universidad Católica del Ecuador (1998); registran alrededor de 153 especies de anfibios y 162 especies de reptiles para la zona del cantón Aguarico. Se han registrado 17 especies de anfibios y 4 especies de reptiles lo que corresponde al 11.11% y al 3.08% respectivamente. La presencia de una mayor cantidad de anfibios con hábitos nocturnos y arbóreos puede deberse a que en la noche tienen una menor posibilidad de deshidratarse ya que la temperatura baja al no estar presente el sol.
Lo contrario ocurre con los reptiles registrados que en su mayoría son diurnos y terrestres (50%) que necesitan de temperaturas moderadamente altas, presentes en el día, para calentar sus cuerpos e iniciar sus actividades diarias.
Entomofauna
Según el Plan Maestro para la Protección de la Biodiversidad Mediante el Fortalecimiento del Sistema Nacional de áreas Protegidas (Campos, F. 1998) registran 181 individuos distribuidos en 31 morfoespecies, 18 familias y 10 órdenes, en la zona del cantón Aguarico.
Ictiofauna
La ictiofauna, sobrevive en esteros y ríos, donde la calidad del agua y la composición física de los recursos hídricos está dentro de los límites aceptables de contaminación e intervención, considerando que el área de estudio es una zona vulnerable a trabajos petroleros, y a la intervención de actividades locales. Estudios académicos de la Universidad San Francisco de Quito y de la Universidad Católica del cantón Aguarico registra 310 especies de peces.
Los peces constituyen una fuente principal de proteína para la población, quienes para obtener el recurso emplean métodos que alteran el ciclo biológico de los recursos acuáticos, por lo que terminan por afectar la calidad y variedad de los recursos. Uno de los métodos es el uso del barbasco y otros métodos con químicos.
